J'ai décidé de m'inspirer de  l'exemple de chaine de traitement offert pour créer un script python qui exécute l'ensemble du traitement.

La première difficule est survenue avec UDPipe, il a été difficile de trouver comment l'utiliser avec python.
Finalement j'ai trouvé qu'il fallait utiliser un "binding" dont l'on télécharge les paquets grâce à pip.
Mais mon pip n'étant pas opérationnel, cela a entrainé problème sur problème (réparer la console... mettre à jour...)
avant de pouvoir enfin utiliser UDPipe.

Ensuite je n'ai pas pu trouver de documentation sur comment utiliser UDPipe sur python... 
j'ai donc du sauter cette étape et faire la suite.

Ensuite j'ai dû m'occuper du header. J'ai pensé à utiliser un parseur xml (lxml par exemple que j'ai déjà utilisé pour python)
mais étant donné qu'il allait falloir supprimer les balises pour Udpipe de toute manière, j'ai estimé que ça ne valait pas le coup.
J'ai donc usé d'expressions régulières à la place.

La prochaine étape a été de transformer le résultat conllu de UdPipe (que j'ai obtenu sur leur site en attendant) en un document xml
suivant la TEI. J'ai segmenté chaque ligne en colonnes en faisant des listes splittés sur les tabluations et ait adapté chaque 
ligne avant de les écrire dans un nouveau fichier.

Enfin, ne trouvant toujours pas de document ou tutoriel sur le module UdPipe Python, j'ai fini par trouver un code (en accès libre)
d'utilisateur à l'adresse suivante. https://github.com/pmarcis/nlp-example/blob/master/process-text-with-udpipe.py 
J'ai du l'adapter à mes besoin en changeant et en enlevant certains bouts du script mais j'ai fini par le faire marcher.
Ensuite il ne m'est plus resté qu'à appeler le script comme processus externe dans mon script principal et de l'utiliser.